PubMed: что это такое и как пользоваться сервисом для поиска и чтения научных статей

PubMed - это бесплатная поисковая система по биомедицинской литературе, которую поддерживает Национальная медицинская библиотека США. Сервис содержит более 40 миллионов записей с аннотациями, но не всегда хранит полный текст: он ведет на сайт издателя или в архив PubMed Central. Чтобы пользоваться сервисом, достаточно ввести запрос, применить фильтры и открыть карточку статьи.

PubMed что это такое

PubMed - это интерфейс поиска по базе MEDLINE и смежным источникам, который разработал Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) при Национальной медицинской библиотеке США. По данным NLM, в сервисе собрано более 40 миллионов ссылок на статьи по медицине, биологии и наукам о жизни. Поиск открыт всем, регистрация нужна только для сохранения запросов и подписок.

Главное отличие PubMed от полнотекстовых архивов в том, что он дает библиографическую запись и аннотацию, а не саму статью. Для исследователя это каталог, по которому находят работы, а затем переходят к тексту у издателя. Аспирант медицинской или биологической специальности использует PubMed при подготовке обзора и анализа научной статьи, а также при поиске источников для публикации.

Что внутри PubMed: MEDLINE, PMC и книги

PubMed состоит из нескольких частей, и от них зависит, какой текст откроется. Самая большая часть - MEDLINE: журналы, которые отобрала NLM и индексирует по словарю MeSH. Остальные записи относятся к статьям до индексации, публикациям "ahead of print" и работам из PubMed Central. PubMed Central (PMC) - это бесплатный полнотекстовый архив: по данным NLM, в нем более 10 миллионов статей.

PMID

Каждая запись получает уникальный номер PMID. Его указывают в списке литературы и используют для точного поиска конкретной работы.

Как пользоваться PubMed: поиск по шагам

Пользоваться PubMed удобнее по порядку действий: от запроса к фильтрам и карточке статьи. Шесть шагов подходят и новичку, и опытному исследователю.

1. Откройте главную страницу PubMed и введите запрос в строку поиска на английском языке.
2. Нажмите Search и просмотрите список результатов с названиями, авторами и годом.
3. Слева примените фильтры: год публикации, тип статьи, доступность полного текста.
4. Откройте карточку статьи и прочитайте аннотацию, ключевые слова и данные об авторах.
5. Перейдите по ссылке на полный текст у издателя или в PubMed Central.
6. Сохраните нужные записи кнопками Save и Cite или подпишитесь на новые публикации через Create alert.

Запросы вводят на английском, потому что база индексирует англоязычные названия и аннотации. Если вы не уверены в терминах, сначала посмотрите, как их используют авторы на сайтах с научными статьями на английском языке.

Как правильно составить запрос в PubMed

Точность выдачи PubMed зависит от формулировки запроса, и операторы позволяют сузить результат до нужных работ. Логические операторы AND, OR и NOT пишут заглавными буквами: AND оставляет статьи с обоими терминами, OR расширяет поиск синонимами, NOT исключает лишнее. Фразу берут в кавычки, например "bone density", а теги в квадратных скобках ограничивают поле поиска: [ti] ищет в названии, [tiab] в названии и аннотации, [au] по автору.

Словарь MeSH помогает находить статьи независимо от формулировки автора: запись по теме получает стандартные рубрики, и запрос по рубрике собирает работы с разными словами. Запрос становится понятнее, когда вы делите тему на элементы. Для клинических вопросов часто используют схему PICO: пациенты, вмешательство, сравнение и исход.

Advanced Search

В расширенном поиске запрос собирают из блоков и видят историю. Так удобнее комбинировать условия и сохранять стратегию для отчета.

Как читать статьи на PubMed бесплатно

Читать статьи на PubMed бесплатно можно, если полный текст лежит в открытом доступе, и найти такие работы помогает один фильтр. В левой колонке выберите "Free full text" или "Full text": останутся статьи, доступные без подписки. Значок PMC Free в карточке означает, что полный текст хранится в PubMed Central и открывается без регистрации. Ссылки на издателей находятся справа вверху под надписью Full text links, там же отмечено, платный доступ или открытый.

Если статья закрыта, есть законные способы получить текст. Автор часто выкладывает версию в репозитории или на сайте университета. Бесплатную версию подсказывают расширения для браузера, например Unpaywall, и вузовская подписка на журналы. Крупные издатели нередко открывают материалы через несколько месяцев после выхода. Наконец, можно написать автору письмо: корреспондирующий автор обычно присылает копию.

Пиратские сайты

Для чтения закрытых статей не стоит использовать пиратские зеркала. Они нарушают права издателей, а университеты нередко блокируют такие обращения.

Как скачать статью с PubMed

Скачать статью с PubMed можно только в случае, когда у нее есть полный текст в открытом доступе. В карточке нажмите Full text links, выберите нужный источник и откройте PDF. В PubMed Central кнопка PDF находится в правом меню страницы, и файл сохраняется как обычный документ. Если PDF нет, текст читают на странице статьи и сохраняют через печать в PDF.

Сам PubMed позволяет скачать другое: список найденных записей. Кнопка Save сохраняет результаты в файл, Cite дает готовую библиографическую запись для вставки в рукопись, а Send to выгружает записи в буфер или в формат для менеджера ссылок. Оформление выгруженных данных зависит от требований журнала, и проверить его помогает материал о том, как оформить ссылки в научной статье.

Как прочитать статью на PubMed: карточка статьи

Карточка статьи в PubMed построена по единой схеме, и по ней видно, стоит ли открывать полный текст. Вверху указаны журнал, год, название и авторы, ниже находится аннотация. Структурированная аннотация обычно делится на цель, методы, результаты и выводы, как в разделах структуры научной статьи IMRaD. Справа расположены ссылки на полный текст, блок "Similar articles" с похожими работами и "Cited by" со статьями, которые на нее ссылаются.

Прочитать аннотацию мало, если работа нужна для обзора: методы и ограничения описаны в полном тексте. Тип статьи отмечен фильтром: обзор, рандомизированное исследование, метаанализ, клинический случай. Различать их полезно заранее, и помогает в этом материал о видах научных статей.

Типичные проблемы при работе с PubMed

Проблемы при работе с PubMed повторяются у большинства пользователей, и каждая решается простым действием. Шесть самых частых трудностей собраны в списке.

• Слишком много результатов: добавьте фильтры по году и типу статьи и уточните запрос оператором AND.
• Слишком мало результатов: добавьте синонимы через OR и уберите лишние условия.
• Нет полного текста: включите фильтр "Free full text" или проверьте репозиторий университета.
• Запрос на русском не работает: переведите термины на английский и проверьте их по MeSH.
• Повторяются старые работы: отсортируйте выдачу по дате и ограничьте период.
• Нет рубрики MeSH для свежей статьи: она появляется после индексации, поэтому ищите и по словам из аннотации.

Если текст на английском сложен для чтения, пригодится помощь с терминами: перевод научных статей экономит время при работе с большим массивом источников.

PubMed для публикации и диссертации

PubMed используют не только для чтения, но и для подготовки собственной публикации. Обзор литературы по медицинской теме начинают с поиска по ключевым словам и MeSH, затем фиксируют стратегию запроса и дату поиска, чтобы результат можно было воспроизвести. Журналы Scopus и других баз требуют ссылок на актуальные источники, поэтому поиск в PubMed входит в подготовку, а не в отдельную задачу. Подробнее о требованиях базы рассказывает материал о том, что такое Scopus.

Подготовка рукописи для журнала включает несколько этапов: подбор рецензируемого издания, оформление научной статьи в журнал и вычитку текста. Автор, которому нужна работа с нуля, обращается за научной статьей для аспиранта. Для международных баз понадобится и публикация статей в Web of Science.

PubMed и другие базы: где искать дальше

PubMed охватывает медицину и науки о жизни, но не заменяет другие базы, и для междисциплинарной темы поиск ведут сразу в нескольких источниках. Scopus и Web of Science дают наукометрические данные и цитирование, Google Scholar охватывает больше типов документов, а PubMed остается основным источником по клинической и биомедицинской тематике. Исследователю, который планирует выйти в международные журналы, полезно знать, как опубликовать статью в Scopus, потому что многие медицинские журналы индексируются сразу в обеих базах.

Для диссертации сведения из PubMed оформляют в обзоре литературы, а аннотацию к собственной работе готовят по тем же принципам: аннотация к научной статье повторяет структурированные аннотации, которые вы видите в карточках PubMed. Если диссертацию нужно представить на английском, потребуется перевод диссертации с единым глоссарием.

Дата поиска

Записывайте дату поиска и точную строку запроса. База обновляется ежедневно, и через месяц тот же запрос даст другой результат, а рецензент может попросить воспроизвести обзор.

Как проверить найденные источники

Найденные в PubMed источники нужно проверить до того, как вы включите их в обзор. Четыре признака показывают надежность: наличие рецензирования, ссылка на данные, указание метода и аффилиация авторов. Статьи без рецензирования (препринты) помечены в карточке, и обращаться с ними следует осторожнее. Предупреждение о ретракции показано в записи, поэтому отозванные работы в список литературы не включают. Перед отправкой рукописи текст проходит вычитку и пруфридинг, а затем научную редактуру.

DisserTop - заказать помощь с публикацией статьи

DisserTop помогает исследователям медицинских и биологических специальностей подготовить рукопись по источникам из PubMed. Специалисты выполняют научное редактирование, чтобы структура и выводы соответствовали требованиям журнала. Если нужна работа с зарубежными текстами или написание статьи в Scopus, команда берет на себя перевод и проверку терминологии. Результат работы DisserTop - рукопись, в которой источники найдены корректно, а оформление отвечает правилам издания.